zespół nadwrażliwości typu Dapsone AD 4

Analizę sekwencjonowania cząsteczek HLA-B i HLA-C przeprowadzono przy użyciu platformy Roche 454 GS FLX. Allele HLA zidentyfikowano w czterocyfrowej rozdzielczości za pomocą HLA Caller, 19, jak zaimplementowano w zestawie narzędzi do analizy genomu. Dodatkowe informacje dotyczące kryteriów diagnostycznych zespołu nadwrażliwości dapsonowej; genotypowanie, kontrola jakości i analiza struktury populacji w analizie odkrycia genomu; wybór SNP dla testu replikacji; a analizę imputacji, sekwencjonowania i asocjacji alleli HLA przedstawiono w Dodatku Uzupełniającym.
Wyniki
Analiza asocjacji genomewidu
Statystyki podsumowujące dla pełnego zestawu danych 430 276 SNP zbadanych w analizie asocjacji genomewidu są dostępne w bazie danych genotypów i fenotypów (dbGaP) (www.ncbi.nlm.nih.gov/gap); numer dostępu, phs000217.v2.p1. Mniejsze wartości P, niż można by oczekiwać przypadkiem, obserwowano na końcu rozkładu kwantyle-kwantyle (ryc. S2A w dodatkowym dodatku), podczas gdy ogólny rozkład nie wykazywał żadnego wskazania inflacji z powodu stratyfikacji populacji, jak wskazuje wartość dla kontroli genetycznej (.GC = 1,012). Istotne związki obserwowano dla 91 SNP w regionie MHC na chromosomie 6 (P <1 × 10-4 dla wszystkich porównań) (ryc. S2B w dodatkowym dodatku), z najsilniejszym związkiem w rs2844573, położonym między HLA-B a Loci MICA (iloraz szans, 6,18; P = 3,84 × 10-13).
Przypisaliśmy klasyczne allele HLA i pozycje aminokwasów, a także nienaprawione SNP w regionie MHC w próbkach odkrycia. Łącznie 66 klasycznych alleli HLA przypisanych dwucyfrowej rozdzielczości, 118 klasycznych alleli HLA przypisanych czterocyfrowej rozdzielczości, 309 aminokwasowych wariantów substytucyjnych HLA i 4206 niepodtypowanych SNP, razem z genotypowanymi SNP 4636, testowano pod kątem asocjacji z zespół nadwrażliwości dapsonowej. Spośród 309 aminokwasów 238 było biallelicznych, a 71 było wielopłaszczyznowych. Dla każdego wariantu wielowarstwowego analizowano asocjację za pomocą testu biallelicznego każdej możliwej grupy aminokwasów, w sumie 497 testów w 309 wariantach aminokwasowych.
Rysunek 1. Rysunek 1. Regionalne poletka asocjacyjne regionu HLA. Panel A pokazuje HLA-B * 13: 01 jako allel w regionie MHC, który ma najsilniejsze powiązanie z zespołem nadwrażliwości dapsonowej. Wskaźniki rekombinacji nakładają się na jasno-niebieskie szczyty. Kręgi reprezentują imputowane polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP), allele i aminokwasy, a diamenty reprezentują genotypowe SNP. Kolory oznaczają siłę nierównomierności powiązania SNP, alleli HLA i aminokwasów z HLA-B * 13: 01
[więcej w: dentysta bielsko biała, chirurgiczne usuwanie ósemek, bortezomib ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: bortezomib chirurgiczne usuwanie ósemek dentysta bielsko biała