Analiza krążącego DNA guza w celu monitorowania przerzutowego raka piersi AD 3

Oznaczone głębokie sekwencjonowanie za pomocą amplikonu przeprowadzono za pomocą macierzy Fluidigm Access Array i sekwencjonowania na przyrządach Illumina GAIIx lub HiSeq. Końcowe sekwencjonowanie przeprowadzono za pomocą przyrządu Illumina HiSeq2000. Mutacje kandydatów i warianty strukturalne zostały zatwierdzone i potwierdzone jako somatyczne przy użyciu sekwencjonowania Sanger. Izolacja i kwantyfikacja krążącego DNA guza
Próbki krwi zebrane w probówkach EDTA przetwarzano w ciągu godziny po pobraniu i odwirowywano w celu oddzielenia osocza od komórek krwi obwodowej. DNA wyekstrahowano z podwielokrotności (2 ml) osocza za pomocą zestawu QIAamp do krążenia kwasów nukleinowych (Qiagen). Aby zmierzyć DNA niosące specyficzne somatyczne zmiany genomowe w osoczu, przeprowadziliśmy test mikroprzepływowej, cyfrowej polimerazy-reakcja łańcuchowa (PCR )17, 23-25 (przy użyciu systemu Fluidigm BioMark) lub bezpośrednie sekwencjonowanie plazmą za pomocą znakowanego głębokiego sekwencjonowania amplikonu22 (używając zestawu Fluidigm Access Array i sekwencjonowania na urządzeniu Illumina HiSeq2500) (patrz dodatek dodatkowy).
Test CA 15-3 i krążących komórek nowotworowych
Mierzyliśmy poziomy CA 15-3 w podwielokrotnościach (50 .l) osocza za pomocą systemu immunologicznego testu ADVIA Centaur (Siemens Healthcare). Próbki krwi zbierano w probówkach konserwujących CellSave (Veridex) i przetwarzano w ciągu 96 godzin w celu wyliczenia krążących komórek nowotworowych za pomocą systemu CellSearch (Veridex). Liczenie krążących komórek nowotworowych wykonano w sposób zaślepiony na wyniki CT i oceny CA 15-3 lub krążącego DNA nowotworu.
Analiza statystyczna
Aby oszacować czułość każdego z biomarkerów krążących, wykorzystaliśmy zmodyfikowaną metodę ładowania. 26 Próbowaliśmy losowo całego zestawu danych, aby uzyskać nowy zestaw danych zawierający tylko jeden punkt czasowy dla każdego pacjenta. Ta losowa próbka została powtórzona 1000 razy, aby uzyskać 1000 zestawów danych, z których każdy zawierał niezależne obserwacje. Dla każdego zestawu danych obliczyliśmy czułość każdego biomarkera. Mediana czułości dla każdego biomarkera i mediana różnicy w czułości między dwoma biomarkerami – krążącym DNA guza względem CA 15-3 lub krążących komórek nowotworowych – została następnie obliczona dla 1000 zestawów danych. Metodę percentyla zastosowano do uzyskania 95% przedziałów ufności.
Analizę przeżycia przeprowadzono przez dopasowanie innego modelu regresji Coxa dla każdej z trzech zmiennych będących przedmiotem zainteresowania: krążącego DNA nowotworu, krążących komórek nowotworowych i CA 15-3. Każdy model został skonstruowany z wykorzystaniem notacji procesu liczenia (początek, koniec, zdarzenie), 27 tak, że dla każdego okresu, data wizyty została podjęta jako początek, a data przed następną wizytą (lub datą ostatniej kontroli) został uznany za koniec
[więcej w: Stomatolog Kraków, dentysta bydgoszcz, stomatolog Warszawa ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: dentysta bydgoszcz Stomatolog Kraków stomatolog Warszawa